Le mode Histoire de NARUTO X BORUTO Ultimate Ninja STORM CONNECTIONS propose un arc narratif original centré sur Boruto, dans lequel les joueurs pourront rencontrer de nouveaux personnages spécialement imaginés pour le jeu.

L’histoire se déroule en parallèle aux événements de BORUTO, dans un monde ninja pacifié où Naruto occupe la fonction d’Hokage et où Boruto découvre le jeu en ligne « Ninja Heroes », dans lequel il fait la rencontre de Nanashi, la guide du jeu. Pendant ce temps, des choses étranges se déroulent dans le monde réel et la Cinquième Grande Guerre Ninja menace d’éclater à tout moment. Dans un monde ninja plongé dans le chaos, Boruto comprend qu’un homme mystérieux, nommé Merz, cherche à déclencher la guerre.